安全性能對于通風柜來說，是最需要保障的一點屬性，因為原本就應用于安全領域的通風柜如果出現安全事故那么對實驗和科研人員造成的損害是不堪設想的。在很多意外狀況下，都是因為通風柜出現故障或者臨時崩壞導致實驗室被損毀或者造成人員受傷的情況。所以通風柜的安全性能是需要著重考慮的設計要素。
在安全性能設計上，除了定期更換通風柜內部的凈化物質和定期清潔管道內的淤積物之外，外形和內部的設計也需要斟酌考慮，才能夠讓通風柜的設計更為科學合理，必須考慮到的要素有如下幾點：通風柜的排風裝置應該使用狹縫式排風裝置，保證排出的有毒氣體不會影響到正在進行試驗的科研人員并且準確經過通風排放凈化管道，讓通風柜的凈化效果達到最佳。